يستخدم ثنائي كلورو إيزوسيانورات الصوديوم على نطاق واسع في مجال معالجة المياه. إن قدرته القوية على الأكسدة وقدرته الفعالة على إبادة الجراثيم تجعله عاملًا رئيسيًا في المياه الصناعية المتداولة ومياه حمامات السباحة ومياه الشرب ومعالجة مياه الصرف الصحي على نطاق واسع. ويمكنه التحكم بفعالية في نمو الميكروبات ومنع نمو الطحالب وتحسين جودة المياه.